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Inconvénient d’une SISA : ce qu’il faut savoir avant de se lancer

Marcpar Marc Nouaux
10.02.2026
8 mn

Les Sociétés interprofessionnelles de soins ambulatoires (Sisa) ont vu le jour pour faciliter la coordination du parcours de soins des patients tout en permettant aux professionnels de santé de percevoir des financements publics. Mais leur complexité administrative leur vaut une mauvaise réputation malgré l’intérêt que leur porte les libéraux réunis en MSP ou en CPTS… On vous explique pourquoi👇
















En résumé :
  • Les Sisa permettent de percevoir collectivement des subventions publiques et de réunir, dans une même structure, différents professionnels de santé regroupés en MSP ou CPTS.
  • Les contraintes fiscales sont nombreuses (paiement de la TVA dans certaines situations, par exemple).
  • Le cadre est très rigide et la complexité administrative peut décourager plus d’un praticien libéral.
  • Les conflits organisationnels et humains entre les membres du groupe peuvent nuire au bon fonctionnement de la structure.

Qu’est-ce qu’une SISA ?

Objectif et cadre légal de la SISA

Les Sisa ont été conçues en 2011 pour permettre à des praticiens de percevoir collectivement des subventions qui rémunèrent les activités réalisées en commun dans le but de mieux coordonner les parcours de soins. 

 

Ces structures s’inscrivent dans un cadre juridique et fiscal bien défini par les articles 1832 et s. du Code civil et les articles L 4041-1 et s. et R 4041-1 et s. du Code de la santé publique.

À qui s’adresse la SISA (maisons de santé pluriprofessionnelles)

La Sisa s’adresse aux membres de MSP, les maisons de santé pluriprofessionnelles, où exercent différents professionnels de santé libéraux (médical et paramédical). Les médecins membres de CPTS, communauté professionnelle territoriale de santé, sont aussi visés par ce dispositif.


☝️À noter : certains professionnels, comme les psychologues ou les ostéopathes, sont exclus du dispositif.

Les principaux inconvénients juridiques d’une SISA

Objet social strictement encadré

La SISA poursuit comme objet social :

 

  • la mise en commun de moyens ;
  • la conservation de l’indépendance de chaque praticien (honoraires, CA, etc.) ;
  • le versement d’une rémunération collective entre associés.

Impossibilité d’exercer en tant que société

Seule une personne physique peut constituer une Sisa, ce qui exclut les personnes morales.

Responsabilités des associés et gouvernance parfois rigide

L’ensemble des associés s’engage professionnellement et financièrement. En cas d’erreur professionnelle ou de difficultés financières de l’un des associés, tous les praticiens sont solidaires.

 

Cette contrainte est doublée d’une gouvernance parfois rigide (difficile de changer les statuts, obligation d’avoir deux médecins dans la structure…).

Les contraintes fiscales et comptables

Fiscalité spécifique et peu intuitive

Une Sisa étant une société de personnes, les associés déclarent automatiquement en IR et leurs bénéfices sont soumis au même régime fiscal que les honoraires d’activité (BIC pour les pharmaciens et BNC pour les autres). Chaque associé est imposé sur sa quote-part de résultat déclaré.

La Sisa est soumise à la CFE en son nom propre mais chaque professionnel de santé peut aussi y être assujetti au nom de son activité libérale.

Néanmoins, le choix de déclarer à l’IS peut s’avérer judicieux si c’est cohérent avec le mode de fonctionnement du groupe de professionnels de la santé.

Gestion de la TVA sur certaines recettes

Pour la TVA, ça se complique… Les prestations de santé sont habituellement exonérées de TVA. En revanche, si un des associés de la Sisa est assujetti à la TVA à + de 20 % de son CA dans le cadre de la mutualisation des moyens nécessaires à l’exercice professionnel de la structure, c’est l’ensemble de la SISA qui est assujettie… Mais pour autant, les revenus issus de prestations de soins et enregistrés individuellement par chaque libéral ne sont pas assujettis…


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Comptabilité obligatoire, même sans bénéfice

En Sisa, vous devez tenir une comptabilité séparée de celle des membres. En clair, vous devez tenir une compta dans le cadre de votre activité libérale et une autre dans le cadre de la Sisa. Forcément, cela alourdit votre charge administrative…


Si vous êtes un peu perdu avec les démarches en tant que praticien installé en libéral, retrouvez par ici tout ce que vous devez savoir sur la comptabilité pour médecin.

Une gestion administrative lourde au quotidien

Multiplication des obligations déclaratives

Les obligations déclaratives sont nombreuses en Sisa car vous bénéficiez de dispositifs financés par l’État. La transparence et les contrôles sont donc importants de la part de l’Urssaf, du fisc ou des caisses professionnelles, sans parler des reports réguliers à fournir à l’ARS ou à la CPAM.

Suivi précis des flux financiers entre associés

En Sisa, il est indispensable d’avoir une cartographie précise des flux financiers afin d’anticiper les échéances et d’identifier les recettes assujetties à la TVA ou exonérées de TVA. Le plan comptable à l’année nécessite une très bonne gestion avec une grande rigueur administrative, ce qui a forcément un impact sur les soins et le temps accordé aux patients.

Dépendance aux financements publics (forfaits, ACI, subventions)

Les Sisa ont pour objectif de capter des financements publics mais le risque, c’est d’en être dépendant. Or, l’instabilité politique ou les atermoiements administratifs peuvent avoir des conséquences sur l’organisation avec des changements de financements récurrents ou des dispositifs qui s’enchevêtrent dans le mille-feuilles administratif…

Il est dangereux de constituer une Sisa en mode « coquille vide » dans le seul but de capter les financements publics sans respecter les règles qui en découlent.

Des inconvénients humains et organisationnels

Complexité de la prise de décision à plusieurs

En Sisa, toute décision doit être prise avec l’accord de l’ensemble des associés. Cela peut faire traîner certaines décisions importantes car il est difficile de capter l’attention de chaque associé en raison des contraintes de chacun. 

 

Un constat d’autant plus vrai lorsque les profils sont très différents (médecins généralistes, spécialistes, pharmaciens, infirmiers, kinésithérapeutes, etc.). Les points de vue peuvent diverger quant à la gestion des ressources, du temps et des moyens et créer des tensions.

Déséquilibres possibles entre associés

On l’a vu, les associés sont solidaires en Sisa. Il est donc important de bien choisir son association et d’anticiper les conflits.

Risques de conflits liés à la répartition des financements

Il est crucial de bien définir les statuts et les attentes lors de la création de la Sisa. Les financements publics perçus dans le cadre de la coordination et la complémentarité des soins doivent faire l’objet d’une répartition acceptée par tous. Sans clarté, les conflits arrivent vite et polluent la bonne entente entre associés, tout en compromettant l’avenir de la structure.

Une structure peu flexible

Difficultés d’entrée et de sortie des associés

La complexité pour procéder aux entrées et sorties des associés illustre la rigidité des Sisa. En effet, chaque mouvement implique de revoir les statuts, consulter chaque partenaire et officialiser en assemblée les modifications avant de les transmettre à chaque administration.

Adaptation limitée à l’évolution des pratiques

Même constat lorsqu’il s’agit de faire évoluer le cadre structurel : faire évoluer les pratiques et donc les répartitions des ressources ou des dépenses, nécessite beaucoup d’étapes administratives.

Inadéquation pour certains projets individuels

Il est utopiste d’imaginer la Sisa comme un moyen de capter des financements publics tout en poursuivant ses objectifs individuels de médecin. Lorsqu’on entre dans une telle structure, certains choix individuels deviennent plus compliqués (comme par exemple passer en société en tant que médecin).

La SISA est-elle toujours le bon choix ?

Cas où la SISA est pertinente

Il ne faut pas perdre de vue que la Sisa est un des meilleurs moyens de participer à un projet d’action collective de santé publique. Les patients y sont gagnants mais aussi les praticiens qui ont accès à un environnement pluridisciplinaire qui leur permet d’améliorer leurs compétences au quotidien.

 

La Sisa est donc pertinente lorsque l’on souhaite s’inscrire en tant que médecin dans une démarche de santé publique en participant aux actions entreprises par les ARS ou la CPAM en étant regroupé en MSP.

Situations où une autre structure est préférable

Si vous êtes dans l’un des cas suivants, vous feriez mieux de ne pas vous lancer en Sisa…

 

👉 Si vous n’aimez pas travailler en groupe ou avec d’autres médecins

👉 Si vous préférez la flexibilité

👉 Si les tracas administratifs vous effraient

👉 Si vous avez le projet de monter une société pour optimiser vos revenus


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Comparaison rapide avec SCM, SEL ou exercice individuel

D’autres statuts permettent d’exercer en médecine libéral comme les sociétés civiles de moyen (SCM), les sociétés d’exercice libéral (SEL) ou bien le statut d’entrepreneur individuel (EI). Contrairement aux Sisa, ces statuts ont des avantages précieux : 

 

👉 Plus de flexibilité et un cadre plus souple pour évoluer

👉 Moins de contrôles administratifs car moins d’échanges

👉 Moins de conflits possibles avec d’éventuels associés

Marc
par Marc Nouaux

Marc Nouaux est journaliste, rédacteur et auteur depuis 15 ans, Marc aime vulgariser les sujets techniques et complexes afin de les rendre accessibles à tous.

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